لفت الامام الخميني (قدس سره) انظار القضاة الى عدم الاخذ بعين الاعتبار، التوصيات التي تُوَجّه لهم، قائلاً: اذا ما جاءتكم توصية مني لأحدما، او من مكتبي او ممن يرتبطون بي، اضربوا ذلك بعرض الحائط! على القاضي ان لايتأثر بأحد. ان القاضي حر وعليه العمل بمحيط عمله بحرية. ان من بين هواجس الامام الخميني (قدس سره)، التي تتطلب التفاتاً خاصاً، استقلال القاضي في موضوع القضاء.. وعليه ان يرى الله فقط في عمله كحاضر ومشرف، لان الامر يتعلق بشرف المسلم، واذا ما سُلب، فلا عودة له!. اشار سماحته (قدس سره) الى ذلك في خطاب له في جمع من اعضاء مؤتمر محاكم الثورة، الذي انعقد في العشرين من شهر مهر 1358 هـ.ش (12 تشرين الاول 1979م)، قائلاً:
ينبغي التمتع بقدر كاف من الوعي والحذر والتريث والحزم. المجرم يجب أن ينال عقابه دون الإلتفات إلى أحد. وكما ذكرت سابقاً أعود وأقول إن وصلتكم توصية مني أو من أحد أتباعي فاضربوا بها عرض الحائط! لأن القاضي يجب أن يتمتع بإستقلالية تامة وحرية كاملة. لاتلتفتوا الى أي توصية مهما كان مصدرها. ينبغي أن يكون القاضي مستقلًا في إصدار أحكامه وعليه في الوقت ذاته أن يضع الله نصب عينيه، فمن خلال القلم الذي يحمله ربما نال من كرامة مسلم، وربما أحق الحق لآخر؛ وبشكل عام علينا أن نضع الله تبارك وتعالى نصب أعيننا في كل الأمور فهو ناظر إلينا وحاضر معنا دائماً. (صحيفة الامام ؛ ج 10، ص 199)